GlyConnect

Taxonomy (1) Protein (1) Source (2) Structure (0) Composition (21) Disease (2) Site (6) Peptide (6)

Taxonomy

Homo sapiens (Human)

Protein

Integrin alpha-5 / Homo sapiens P08648

Source

Blood Serum (UBERON_0001977)
Mammary Gland (UBERON_0001911)

Reported structure

Composition

Disease

Cancer, breast (DOID:1612)
Prostate cancer (DOID:10283)

Reported glycosite

Integrin alpha-5 / Homo sapiens :
- Asn-182
- Asn-297
- Asn-518
- Asn-672
- Asn-771
- Asn-868

Mass spectrometry validated peptide

EPLSDPVGTCYLSTDNFTR (19aa)
- P08648 Asn-182
GNLTYGYVTILNGSDIR (17aa)
- P08648 Asn-297
SCSLEGNPVACINLSFCLNASGK (23aa)
- P08648 Asn-518
NALNLTFHAQNVGEGGAYEAELR (23aa)
- P08648 Asn-672
NLNNSQSDVVSFR (13aa)
- P08648 Asn-771
VTGLNCTTNHPINPK (15aa)
- P08648 Asn-868

- Hex:5 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2370.1661 )
- Hex:4 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 1916.7658 )
- Hex:5 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2078.9082 )
- Hex:6 HexNAc:4 dHex:2 NeuAc:1
- Hex:6 HexNAc:6 NeuAc:3 (avg mass : 3083.8134 )
- Hex:6 HexNAc:5 dHex:2 NeuAc:3
- Hex:6 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2444.2456 )
- Hex:6 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:3 (avg mass : 3229.9564 )
- Hex:6 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:3 (avg mass : 3026.7614 )
- Hex:5 HexNAc:4 NeuAc:1 (avg mass : 1932.7652 )
- Hex:6 HexNAc:5 dHex:2 NeuAc:2 (avg mass : 2881.6465 )
- Hex:6 HexNAc:5 dHex:3 NeuAc:3
- Hex:6 HexNAc:5 NeuAc:3 (avg mass : 2880.6184 )
- Hex:6 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2735.5035 )
- Hex:6 HexNAc:5 NeuAc:2 (avg mass : 2589.3605 )
- Hex:5 HexNAc:4 dHex:2 NeuAc:2 (avg mass : 2516.3091 )
- Hex:6 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2532.3085 )
- Hex:7 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2809.583 )
- Hex:4 HexNAc:4 NeuAc:1 (avg mass : 1770.6228 )
- Hex:5 HexNAc:4 NeuAc:2 (avg mass : 2224.0231 )
- Hex:5 HexNAc:4 dHex:2 NeuAc:1 (avg mass : 2225.0512 )

Protein and gene references

UniProtKB : P08648

neXtProt : NX_P08648

GeneCards : ITGA5

3D structure from PDB

Select a PDB entry

Github Wiki

3D visualization by LiteMol

References (2)

Reanalysis of global proteomic and phosphoproteomic data identified a large number of glycopeptides (2018)
Yingwei Hu, Punit Shah, David J. Clark, Minghui Ao, Hui Zhang
Pubmed : 29741879 DOI : 10.1021/acs.analchem.8b01137
Status : Unreviewed

Large-scale intact glycopeptide identification by Mascot database search (2018)
Ravi Chand Bollineni, Christian Jeffrey Koehler, Randi Elin Gislefoss, Jan Haug Anonsen, Bernd Thiede
Pubmed : 29391424 DOI : 10.1038/s41598-018-20331-2
Status : Unreviewed