VPAQEKNF (8aa)

Taxonomy

• Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)

Protein

• Recombinant Spike glycoprotein (BTI-Tn-5B1-4) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)    P0DTC2
• Recombinant Spike glycoprotein (FreeStyle 293-F) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)    P0DTC2
• Recombinant Spike glycoprotein (HEK293) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)    P0DTC2

Source

• BTI-Tn-5B1-4 (CVCL_C190)  
• FreeStyle 293-F (CVCL_D603)  
• HEK293 (CVCL_0045)  

Reported structure

Composition

• Hex:2 HexNAc:2 (avg mass : 748.6901 )
• Hex:2 HexNAc:2 dHex:1 (avg mass : 894.8331 )
• Hex:3 HexNAc:2 (avg mass : 910.8325 )
• Hex:3 HexNAc:2 dHex:1 (avg mass : 1056.9755 )
• Hex:3 HexNAc:3 (avg mass : 1114.0275 )
• Hex:3 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1260.1705 )
• Hex:3 HexNAc:3 dHex:2 (avg mass : 1406.3135 )
• Hex:3 HexNAc:4 (avg mass : 1317.2225 )
• Hex:3 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1463.3655 )
• Hex:3 HexNAc:5 (avg mass : 1520.4175 )
• Hex:3 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1666.5605 )
• Hex:3 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 1869.7555 )
• Hex:4 HexNAc:2 (avg mass : 1072.9749 )
• Hex:4 HexNAc:2 dHex:1 (avg mass : 1219.1179 )
• Hex:4 HexNAc:3 (avg mass : 1276.1699 )
• Hex:4 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1422.3129 )
• Hex:4 HexNAc:3 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 1713.5708 )
• Hex:4 HexNAc:4 (avg mass : 1479.3649 )
• Hex:4 HexNAc:4 NeuAc:1 (avg mass : 1770.6228 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1625.5079 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 1916.7658 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:2 (avg mass : 1771.6509 )
• Hex:4 HexNAc:5 (avg mass : 1682.5599 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1828.7029 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2119.9608 )
• Hex:5 HexNAc:2 (avg mass : 1235.1173 )
• Hex:5 HexNAc:2 dHex:1 (avg mass : 1381.2603 )
• Hex:5 HexNAc:3 (avg mass : 1438.3123 )
• Hex:5 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1584.4553 )
• Hex:5 HexNAc:4 (avg mass : 1641.5073 )
• Hex:5 HexNAc:4 NeuAc:1 (avg mass : 1932.7652 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2078.9082 )
• Hex:5 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1990.8453 )
• Hex:5 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2485.2982 )
• Hex:6 HexNAc:2 (avg mass : 1397.2597 )
• Hex:6 HexNAc:3 (avg mass : 1600.4547 )
• Hex:6 HexNAc:3 NeuAc:1 (avg mass : 1891.7126 )
• Hex:6 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1746.5977 )
• Hex:6 HexNAc:3 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2037.8556 )
• Hex:6 HexNAc:5 (avg mass : 2006.8447 )
• Hex:6 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2444.2456 )
• Hex:6 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 2356.1827 )
• Hex:7 HexNAc:2 (avg mass : 1559.4021 )
• Hex:8 HexNAc:2 (avg mass : 1721.5445 )
• Hex:9 HexNAc:2 (avg mass : 1883.6869 )
• Hex:10 HexNAc:2 (avg mass : 2045.8293 )

Disease

• COVID-19 (DOID:0080600)

Reference

• Identification of 22 N-glycosites on spike glycoprotein of SARS-CoV-2 and accessible surface glycopeptide motifs: Implications for vaccination and antibody therapeutics (2020 - Dapeng Zhou, Xiaoxu Tian, Ruibing Qi, Chao Peng, Wen Zhang) / Status : Reviewed
• Deducing the N- and O- glycosylation profile of the spike protein of novel coronavirus SARS-CoV-2 (2020 - Asif Shajahan, Nitin T. Supekar, Anne S. Gleinich, Parastoo Azadi) / Status : Reviewed
• Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike (2020 - Yasunori Watanabe, Joel D. Allen, Daniel Wrapp, Jason S. McLellan, Max Crispin) / Status : Unreviewed

Reported glycosite

• Recombinant Spike glycoprotein (BTI-Tn-5B1-4) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •        Asn-1074
• Recombinant Spike glycoprotein (FreeStyle 293-F) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •        Asn-1074
• Recombinant Spike glycoprotein (HEK293) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •        Asn-1074

Mass spectrometry observed peptide

• VPAQEKNF (8aa)
  •    P0DTC2    Asn-1074     Recombinant Spike glycoprotein (BTI-Tn-5B1-4) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •    P0DTC2    Asn-1074     Recombinant Spike glycoprotein (HEK293) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •    P0DTC2    Asn-1074     Recombinant Spike glycoprotein (FreeStyle 293-F) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)