FPNIT (5aa)

Taxonomy

• Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)

Protein

• Recombinant Spike glycoprotein (CHO) - RBD domain / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)    P0DTC2
• Recombinant Spike glycoprotein (HEK293) - RBD domain / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)    P0DTC2

Source

• CHO (CVCL_0213)  
• HEK293 (CVCL_0045)  

Reported structure

• N-Linked / Complex / Structure 1850
• N-Linked / Complex / Structure 9347
• N-Linked / Complex / Structure 1497
• N-Linked / Complex / Structure 2643
• N-Linked / Complex / Structure 2719
• N-Linked / Complex / Structure 9792
• N-Linked / Complex / Structure 9958
• N-Linked / Complex / Gal(?1-?)GlcNAc(?1-?)Man(a1-3)[Gal(?1-?)GlcNAc(?1-?)Man(a1-6)]Man(b1-4)GlcNAc(b1-4)[Fuc(a1-6)]GlcNAc
• N-Linked / Complex / Structure 9689
• N-Linked / Complex / Structure 9713
• N-Linked / Complex / Structure 9469
• N-Linked / Complex / Structure 32
• N-Linked / Complex / Structure 10105
• N-Linked / Complex / Structure 9780
• N-Linked / Complex / Structure 10084
• N-Linked / Complex / Structure 9702
• N-Linked / Complex / Structure 1523
• N-Linked / Complex / Structure 10110
• N-Linked / Complex / Structure 10107
• N-Linked / Complex / Structure 9555
• N-Linked / Complex / Structure 10080
• N-Linked / Complex / Structure 9663
• N-Linked / Complex / Structure 2607
• N-Linked / Complex / Structure 10083
• N-Linked / Complex / Structure 10077
• N-Linked / Complex / Structure 9973
• N-Linked / Complex / Structure 10087
• N-Linked / Complex / Structure 9354
• N-Linked / Complex / Structure 10106
• N-Linked / Complex / Structure 9815
• N-Linked / Complex / Gal(?1-?)GlcNAc(?1-?)[Gal(?1-?)GlcNAc(?1-?)]Man(a1-3)[Gal(?1-?)GlcNAc(?1-?)[Gal(?1-?)GlcNAc(?1-?)]Man(a1-6)]Man(b1-4)GlcNAc(b1-4)[Fuc(a1-6)]GlcNAc
• N-Linked / Complex / Structure 10103
• N-Linked / Complex / Structure 10099
• N-Linked / Complex / Structure 9998
• N-Linked / Complex / Structure 10108
• N-Linked / Complex / Structure 10071
• N-Linked / High-Mannose / Structure 10092

Composition

• Hex:3 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1260.1705 )
• Hex:3 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1463.3655 )
• Hex:3 HexNAc:4 dHex:2 (avg mass : 1609.5085 )
• Hex:3 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1666.5605 )
• Hex:3 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 1869.7555 )
• Hex:3 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2161.0134 )
• Hex:3 HexNAc:6 dHex:2 (avg mass : 2015.8985 )
• Hex:4 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1422.3129 )
• Hex:4 HexNAc:3 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 1713.5708 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1625.5079 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 1916.7658 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:2 (avg mass : 1771.6509 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1828.7029 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2119.9608 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2411.2187 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:2 (avg mass : 1974.8459 )
• Hex:4 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 2031.8979 )
• Hex:4 HexNAc:6 dHex:2 (avg mass : 2178.0409 )
• Hex:5 HexNAc:2 (avg mass : 1235.1173 )
• Hex:5 HexNAc:2 Ph:1 (avg mass : 1315.0972 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1787.6503 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2078.9082 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2370.1661 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:2 (avg mass : 1933.7933 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:2 NeuAc:1 (avg mass : 2225.0512 )
• Hex:5 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1990.8453 )
• Hex:5 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2282.1032 )
• Hex:5 HexNAc:5 dHex:2 (avg mass : 2136.9883 )
• Hex:5 HexNAc:5 dHex:3 (avg mass : 2283.1313 )
• Hex:5 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 2194.0403 )
• Hex:5 HexNAc:6 dHex:2 (avg mass : 2340.1833 )
• Hex:6 HexNAc:2 Ph:1 (avg mass : 1477.2396 )
• Hex:6 HexNAc:4 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2241.0506 )
• Hex:6 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 2152.9877 )
• Hex:6 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2444.2456 )
• Hex:6 HexNAc:5 dHex:2 (avg mass : 2299.1307 )
• Hex:6 HexNAc:5 dHex:2 NeuAc:1 (avg mass : 2590.3886 )
• Hex:6 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 2356.1827 )
• Hex:6 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2938.6985 )
• Hex:6 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:3 (avg mass : 3229.9564 )
• Hex:6 HexNAc:7 (avg mass : 2413.2347 )
• Hex:6 HexNAc:7 dHex:1 (avg mass : 2559.3777 )
• Hex:7 HexNAc:2 Ph:1 (avg mass : 1639.382 )
• Hex:7 HexNAc:6 dHex:1 (avg mass : 2518.3251 )
• Hex:7 HexNAc:6 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2809.583 )
• Hex:7 HexNAc:7 dHex:1 (avg mass : 2721.5201 )
• Hex:8 HexNAc:7 NeuAc:1 (avg mass : 3028.7774 )
• Hex:8 HexNAc:7 dHex:1 (avg mass : 2883.6625 )
• Hex:8 HexNAc:8 dHex:1 (avg mass : 3086.8575 )
• Hex:9 HexNAc:8 dHex:1 (avg mass : 3248.9999 )
• Hex:10 HexNAc:9 dHex:1 (avg mass : 3614.3373 )

Disease

• COVID-19 (DOID:0080600)

Reference

• Structural and functional characterization of SARS-CoV-2 RBD domains produced in mammalian cells (2021 - Christoph Gstöttner, Tao Zhang, Anja Resemann, Sophia Ruben, Stuart Pengelley, Detlev Suckau, Tim Welsink, Manfred Wuhrer, Elena Domínguez-Vega) / Status : Reviewed

Reported glycosite

• Recombinant Spike glycoprotein (CHO) - RBD domain / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •        Asn-331
• Recombinant Spike glycoprotein (HEK293) - RBD domain / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •        Asn-331

Mass spectrometry observed peptide

• FPNIT (5aa)
  •    P0DTC2    Asn-331     Recombinant Spike glycoprotein (HEK293) - RBD domain / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)
  •    P0DTC2    Asn-331     Recombinant Spike glycoprotein (CHO) - RBD domain / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (2019-nCoV)