Oral squamous cell carcinoma

Taxonomy

• Homo sapiens (Human)

Protein

• Acetyl-coenzyme A transporter 1 / Homo sapiens    O00400
• Alpha-2-HS-glycoprotein / Homo sapiens    P02765
• Haptoglobin / Homo sapiens    P00738
• Hemopexin / Homo sapiens    P02790
• Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Homo sapiens    P01876
• Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Homo sapiens    P01857
• Immunoglobulin heavy constant gamma 2 / Homo sapiens    P01859
• Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / Homo sapiens    P01861
• Immunoglobulin heavy constant mu / Homo sapiens    P01871
• Kinesin-like protein KIF28P / Homo sapiens    B7ZC32
• Prothrombin / Homo sapiens    P00734
• Serotransferrin / Homo sapiens    P02787
• SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1 / Homo sapiens    Q9NZC9

Source

• Blood Serum (UBERON_0001977)  

Reported structure

• N-Linked / Undefined core / HexNAc(??-?)Hex(??-?)[Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / HexNAc(??-?)Hex(??-?)[HexNAc(??-?)][Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / HexNAc(??-?)Hex(??-?)[HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc
• N-Linked / Undefined core / Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / HexNAc(??-?)Hex(??-?)[HexNAc(??-?)Hex(??-?)][HexNAc(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / NeuAc(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[NeuAc(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc
• N-Linked / Undefined core / NeuAc(??-?)Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc
• N-Linked / Undefined core / NeuAc(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / Fuc(??-?)[HexNAc(??-?)]Hex(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc(??-?)Hex(??-?)[HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / NeuAc(??-?)Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[NeuAc(??-?)Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc
• N-Linked / Undefined core / NeuAc(??-?)Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[Fuc(??-?)Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)[HexNAc(??-?)]Hex(??-?)[HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)[HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)]Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc
• N-Linked / Undefined core / NeuAc(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)[NeuAc(??-?)Hex(??-?)HexNAc(??-?)Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)[Fuc(??-?)]HexNAc
• N-Linked / Undefined core / HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)[Hex(??-?)HexNAc(??-?)]Hex(??-?)[HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)[HexNAc(??-?)HexNAc(??-?)]Hex(??-?)]Hex(??-?)HexNAc(??-?)HexNAc

Composition

• Hex:3 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1260.1705 )
• Hex:3 HexNAc:3 dHex:1 NeuAc:4 (avg mass : 2425.2021 )
• Hex:3 HexNAc:4 NeuAc:2 (avg mass : 1899.7383 )
• Hex:3 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1463.3655 )
• Hex:3 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 1666.5605 )
• Hex:3 HexNAc:5 dHex:2 (avg mass : 1812.7035 )
• Hex:3 HexNAc:6 dHex:2 NeuAc:1 (avg mass : 2307.1564 )
• Hex:3 HexNAc:9 (avg mass : 2333.1975 )
• Hex:4 HexNAc:3 NeuAc:3 (avg mass : 2149.9436 )
• Hex:4 HexNAc:4 (avg mass : 1479.3649 )
• Hex:4 HexNAc:4 dHex:1 (avg mass : 1625.5079 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:1 (avg mass : 2119.9608 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:1 NeuAc:2 (avg mass : 2411.2187 )
• Hex:4 HexNAc:5 dHex:3 (avg mass : 2120.9889 )
• Hex:4 HexNAc:6 dHex:2 (avg mass : 2178.0409 )
• Hex:4 HexNAc:9 (avg mass : 2495.3399 )
• Hex:5 HexNAc:4 NeuAc:1 (avg mass : 1932.7652 )
• Hex:5 HexNAc:4 NeuAc:2 (avg mass : 2224.0231 )
• Hex:5 HexNAc:4 dHex:2 NeuAc:1 (avg mass : 2225.0512 )
• Hex:5 HexNAc:7 (avg mass : 2251.0923 )
• Hex:6 HexNAc:8 dHex:2 (avg mass : 2908.7157 )
• Hex:7 HexNAc:3 dHex:1 (avg mass : 1908.7401 )
• Hex:7 HexNAc:3 dHex:2 (avg mass : 2054.8831 )
• Hex:7 HexNAc:5 dHex:1 (avg mass : 2315.1301 )
• Hex:11 HexNAc:6 NeuAc:2 (avg mass : 3603.2675 )

Disease

• Oral squamous cell carcinoma (DOID:0050866)

Reference

• Tongue Cancer Patients Can be Distinguished from Healthy Controls by Specific N-Glycopeptides Found in Serum. (2018 - Mayank Saraswat, Antti Mäkitie, Tiialotta Tohmola, Amy Dickinson, Shruti Saraswat, Sakari Joenväärä, Suvi Renkonen) / Status : Reviewed

Reported glycosite

• Acetyl-coenzyme A transporter 1 / Homo sapiens
  •        Asn-18
• Alpha-2-HS-glycoprotein / Homo sapiens
  •        Asn-176
• Haptoglobin / Homo sapiens
  •        Asn-184
  •        Asn-211
  •        Asn-241
• Hemopexin / Homo sapiens
  •        Asn-187
• Immunoglobulin heavy constant alpha 1 / Homo sapiens
  •        Asn-144
  •        Asn-340
• Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Homo sapiens
  •        Asn-180
• Immunoglobulin heavy constant gamma 2 / Homo sapiens
  •        Asn-176
• Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / Homo sapiens
  •        Asn-177
• Immunoglobulin heavy constant mu / Homo sapiens
  •        Asn-209
• Kinesin-like protein KIF28P / Homo sapiens
  •        Asn-280
• Prothrombin / Homo sapiens
  •        Asn-143
• Serotransferrin / Homo sapiens
  •        Asn-432
  •        Asn-630
• SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1 / Homo sapiens
  •        Asn-203

Mass spectrometry observed peptide

• DSSRQRRPGNFSHSLDMK (18aa)
  •    O00400    Asn-18
• LSLHRPALEDLLLGSEANLTCTLTGLR (27aa)
  •    P01876    Asn-144
• YPHKPEINSTTHPGADLQENFCR (23aa)
  •    P00734    Asn-143
• AALAAFNAQNNGSNFQLEEISR (22aa)
  •    P02765    Asn-176
• TKPREEQFNSTFR (13aa)
  •    P01859    Asn-176
• TKPREEQFNSTYR (13aa)
  •    P01861    Asn-177
• TKPREEQYNSTYR (13aa)
  •    P01857    Asn-180
• EEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYK (28aa)
  •    P01857    Asn-180
• EEQYNSTYR (9aa)
  •    P01857    Asn-180
• MVSHHNLTTGATLINEQWLLTTAK (24aa)
  •    P00738    Asn-184
• SWPAVGNCSSALR (13aa)
  •    P02790    Asn-187
• ASPSGQNISYIHSSSESVTPRTEGR (25aa)
  •    Q9NZC9    Asn-203
• NLFLNHSENATAK (13aa)
  •    P00738    Asn-211
• GLTFQQNASSMCVPDQDTAIR (21aa)
  •    P01871    Asn-209
• NLFLNHSENATAKDIAPTLTLYVGKK (26aa)
  •    P00738    Asn-211
• VVLHPNYSQVDIGLIK (16aa)
  •    P00738    Asn-241
• QLVEIEKVVLHPNYSQVDIGLIKLK (25aa)
  •    P00738    Asn-241
• QLVEIEKVVLHPNYSQVDIGLIK (23aa)
  •    P00738    Asn-241
• EGSCVNLSLTNLGSVISVLADAAMGK (26aa)
  •    B7ZC32    Asn-280
• LAGKPTHVNVSVVMAEVDGTCY (22aa)
  •    P01876    Asn-340
• CGLVPVLAENYNK (13aa)
  •    P02787    Asn-432
• QQQHLFGSNVTDCSGNFCLFR (21aa)
  •    P02787    Asn-630